مکانیک dna در برهمکنش های اختصاصی پروتئین-dna

thesis
abstract

?پروتئین ها توالی های اختصاص ? dna?را نه تنها از طریق برهمکنش مستقیم بین آمینواسیدها و بازها،? ?بلکه به طور غیرمستقیم بر اساس ساختار و تغییرشکل پذیری بازهای ? dna?تشخیص می دهند(پردازش غیرمستقیم). تمرکز ما بر پاسخ مکانیکی? ?توالی های ? dna?به تنش های خارجی است. برای این? منظور ما با استفاده از شبیه سازی دینامی?ک ?مولکولی در سطح اتم و استفاده از داده های ?x-ray?? کریستالوگرافی ، چندین کمپلکس پروتئین?? ،dna?مانند کمپلکس اتصال به ? tata box?و کمپلکس? سرکوبگر لاکتوز?? dna?را شبیه سازی کرده ایم. این کمپلکس ها شامل ترکیب توالی های اختصاصی ?? dna?با پروتئین های اختصاصی آن توالی هاست. علاوه بر توالی اصلی توالی های جهش یافته برای? ?مقایسه شبیه سازی شده اند. همچنین با استفاده از داده های شبیه سازی دینامیک ?مولکولی ، خواص? ?وابسته به توالی بازهای ? dna?را مورد مطالعه قرار داده ایم. برای این منظور، پاسخ مکانیکی? در سطح? پارامترهای جفت بازی (کج ، گردش، پیچش، چین، ...) را برای همه سه نوکلئوتیدها/کودان ها آنالیز? کرده ایم. نتایج شبیه سازی نشان می دهد که همبستگی الاستی?ک ?قابل توجه بین همه جابه جایی های ?درون جفت بازی و بین جفت بازی وجود دارد. همچنین نشان داده ایم که همبستگی های همسایه نزدیک ?بعدی در بررس دینامیک ?بازهای ? dna?مهم می باشد. ما اعتقاد داریم که این همبستگی تاثیر مهمی بر ?برهمکنش های پروتئین?? dna?می گذارد. علاوه بر این، ما با استفاده از داده های شبیه سازی دینامیک ?مولکولی ، پاسخ غیرخطی بازهای ? dna?را نسبت به نیروهای خارج مطالعه کرده ایم.?

First 15 pages

Signup for downloading 15 first pages

Already have an account?login

similar resources

بررسی برهمکنش میسل‌های معکوس آنیونی AOT و DNA در فرایند نانوکپسوله‌سازی DNA

full text

مطالعه برهمکنش کمپلکس های نیکل (II) دارای لیگاندهای آروماتیک مسطح با DNA غده تیموس

سه کمپلکس نیکل با فرمول های 2)3](NO2[Ni(en)، 2)3](NO2[Ni(phen)، 2)3](NO2[Ni(bpy)(به ترتیب a، b و...

full text

مطالعه برهمکنش ذرات نانو نقره با dna

چکیده: در سال های اخیر ساخت و استفاده از ذرات نانو نقره (snp) بسیار مورد توجه قرار گرفته است و کاربردهای زیادی در محصولات مصرفی، از ابزارهای پزشکی میکروب زدایی و کاربردهای خانگی گرفته تا تصفیه ی آب، پیدا کرده اند. چون مکانیسم حاکم بر رفتار مواد اولیه ای که در ساخت این ذرات نانو از آن ها استفاده شده برای موادی با مقیاس نانو کاربردی ندارد، نگرانی های زیادی در مورد صدمات احتمالی وارد بر محیط به خ...

15 صفحه اول

بررسی برهمکنش دوکسوروبیسین با dna در غلظت های مختلف نمک

?دوکسوروبیسین به عنوان یک ترکیب دارویی ضد سرطان، سالهاست که در شیمی درمانی بسیاری از سرطان شایع از جمله سینه، ریه، خون و لنف به کار برده میشود. بنابراین بررسی چگونگی عملکرد و به کار گرفته شدن آن به عنوان دارو مثل تعیین? دوز مناسب اثرات جانبی استفاده از آن و چگونگی انتقال دارو به بافت سرطانی مورد نظر همواره مورد توجه بوده است. از?آنجایی که ? dna?و کروماتین به عنوان هدف اصلی دارو در سلول شناخته م...

15 صفحه اول

شناسایی قطعات کروموزومی 1RS چاودار در جنس Aegilops با استفاده از نشانگر مولکولی اختصاصی DNA

چاودار به عنوان یک منبع ژنتیکی خارجی توسط اصلاح گرها به وفور در افزایش تنوع ژنتیکی گندم استفاده شده است، و کروموزوم 1R و بخصوص بازوی کوتاه آن 1RS به فراوانی به ژنوم گندم انتقال داده شده است. در مطالعات 1RS و انتخاب موثر از تکنیک‌های سیتوژنتیکی، بیوشیمیایی و نشانگرهای DNA استفاده می‌شود. در این مطالعه وجود قطعات کروموزومی چاودار در بعضی از گونه‌های خانواده گندمیان با استفاده از یک جفت آغازگر اخت...

full text

گذار اندرسون در شبکۀ DNA و اثرات محور DNA

مقدمه: مولکول DNA به­علت داشتن خواص منحصر­به­فرد و بدیع می­تواند در زمینه­های تحقیقاتی مختلفی از­جمله       نانو­الکترونیک نوری[1] مورد استفاده قرار گیرد. امروزه، نانوساختارهای مبتنی­بر DNA با کیفیت تشخیص مولکولی توسعه فراوانی یافته­است اما بااین­حال مفهوم نانوالکترونیک مولکولی مبتنی­بر DNA موضوعی است که هنوز با چالش­هایی روبه­رو است و مطالعات فراوانی بر­روی آن در حال شکل­گیری است. با این توصیف...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


document type: thesis

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم پایه زنجان - دانشکده فیزیک

Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023